明治五年、神宮司庁に設けられた神宮教院の教導職により斎行されていた神葬祭が祖霊社祭祀の原初に当たり、当社に祀られる神霊を記した『帰幽録』もこの年に始まります。

神宮教院が神道の教化活動のため、明治六年に常明寺跡（伊勢市倭町）に建設した説教所は、後に「第一番神風講社」と呼ばれるようになり、同九年には豊宮崎文庫に場所を移します。

明治十年、浦田長民少宮司を主として、神都出身の西南の役における戦没者慰霊祭が岡本町の現在地にて斎行され、翌十一年その地に「神風講社　祖霊舎」を創建し、天照大御神をはじめ檀家信徒の祖先神霊が奉斎されました。

明治十五年、神宮教院は神宮司庁から分離され、当社は第一教区本部「大神宮祠」に改称します。

明治三十二年、神宮教院が解散し、財団法人神宮奉斎会を結成。当社も「神宮奉斎会　山田支部」となりますが、地域の神葬祭を本義とする当社は協議の末、神宮奉斎会から独立することとなり、明治三十四年「神都霊祭会」が組織され、同三十八年には財団法人の認可を受けました。

昭和二十八年、宗教法人「霊祭講社祖霊社」となり、同五十六年には「祖霊社」と名を改め現在に至ります。