明治5年	伊勢神宮により神宮教院が開かれる(10月)。倭町・元常明寺において、 その説教所が開かれる。
明治6年	全国的に教会が開かれ、名称を「神風講社」と統一する。 当社は第一番神風講社であった。
明治9年	豊宮崎文庫へ移転し講堂を神宮山田説教所とする。
明治10年	現在地に神都伊勢の御霊をお祀りする祖霊舎(祭殿・本殿)の造営が進められる。西南の役の戦没者慰霊祭を神宮少宮司・浦田長民が執り行い今日の霊祭の源となる。
明治11年	豊宮崎文庫の火災焼失により説教所を現在地に建設、これがのちの客殿となる。
明治15年	神宮教院が独立する。祖霊舎を教院の付属とし第一教区本部「大神宮祠」と改称。
明治19年	祭殿を新たに建て替え、本殿をその奥に移築する。旧祭殿は度会郡大宮町野原の祖霊殿として移される。
明治30年	神都出身戦没者の慰霊碑として境内に表忠碑が建立される。(9月) 以降、春秋の二季に慰霊祭が行われる。
明治32年	神宮教院が解散し「神宮奉斎会」となるにあたり、当社はその山田支部となる。(9月)
明治38年	財団法人の認可を受け「神都霊祭会」として、伊勢固有の祖先祭祀を行う。(12月)

昭和28年	宗教法人の認可を受け「霊祭講社」と改称。
昭和41年	納骨殿を建立。(3月)
昭和56 〜57年	祖霊殿修復事業として祭殿及び本殿を修復する。「祖霊社」と改称。
昭和58年	教化行事施設として講堂を新築。(11月)
昭和63年	祖霊社復興事業として境内の整備及び斎殿(葬祭殿)の建設が計画される。
平成元年	斎殿建設工事着工。(3月) 表忠碑を斎殿奥へ移設し境内整備を進める。(6月) 斎殿完成。(11月)
平成4年	市道の改良工事計画に伴い、祖霊社総合復興事業が計画される。
平成5年	祖霊殿、納骨殿の曳屋及び修復を行い、本殿を新築する。(9月) 社務所、講堂の新築工事が完成する。(12月)
平成6年	客殿の建て替え、及び境内の整備が進められる。
平成8年	市道からの参道をはじめ周辺の護森林を整備する。
平成11年	祖霊社総合復興事業終了。竣工式斎行。(7月)
平成14年	第二斎場 宮崎殿完成。（1月）
平成16年	伊勢市霊園公社・伊勢やすらぎ公園の山稜に納骨殿「四季彩の杜　鎮魂殿(しずたまでん)」を建設。